דו"ח מבקר המדינה 69א' מאוקטובר 2018 קבע, כי רשות המים הזניחה את משק המים והביאה אותו לכלל משבר העלול לגרום לכך שלא יהיו מים בברזים. לדעת המבקר, אין לרשות המים תוכניות אסטרטגיות ארוכות טווח, ושורה של החלטות שגויות הביאו לגירעון של מיליארד מ"ק במקורות המים הטבעיים. משק המים בישראל נמצא זה יותר מארבעה עשורים במשבר מתמשך. ניהולו הלקוי בעבר אף הביא להקמת ועדות חקירה ממלכתיות,  ועדת ביין, שמסקנותיה עוגנו בהחלטת ממשלה מאוקטובר 2010. ממצאי דו"ח המבקר העלו, כי רשות המים לא יישמה את החלטת הממשלה ולא מנעה את המשך הפגיעה במשק המים. רשות המים נקטה פעם אחר פעם מדיניות של "הליכה על הסף", שהתבטאה בהתרת הרסן מייד בסיומה של שנת גשמים ברוכה אחת, תוך התעלמות מהשפעותיהם ארוכות הטווח של השינויים האקלימיים באזור. כדי להתמודד עם האתגרים השונים במשק, על רשות המים, המופקדת על אוצר הטבע החשוב ביותר במדינה, לנקוט מדיניות תכנון בת קַיָימא שתאפשר אספקת מים באיכות, באמינות ובזמינות הנדרשות , ותשמר את מלאי המים הטבעיים כמשאב חיוני של המדינה. ככל שרשות המים תקדים לנקוט את הצעדים הדרושים כן ייטב.

רשות המים אחראית גם לאסדרתם של איגודי ערים לביוב ולפיקוח עליהם. ביקורת בנושא "היבטים בהתנהלות איגודי ערים לביוב, בפיקוח עליהם ובאסדרתם", העלתה כי נוכח פוטנציאל הזיהום הגדול שיש למתקני טיהור שפכים, על רשות המים להקפיד כי תכנונם של מתקנים אלה יכלול היערכות מראש למניעת זיהום הנגרם מפתרונות הקצה שהיא קובעת, וכי יובאו בחשבון מדיניות הממשלה, צפי הגידול באוכלוסייה, העלויות הגבוהות של מיזמים אלה וחשיבותם מהבחינה הלאומית והסביבתית. נוסף על כך, ממשלת ישראל שמה לה ליעד למצוא פתרון למשבר הדיור באמצעות הסרת חסמים המונעים פיתוח למגורים, כמו היעדר פתרון לטיהור השפכים. ממצאי הדוח מצביעים על כך שהעיכובים הניכרים שחלו בשדרוג ובהרחבה של המט"שים של כמה איגודי ערים לביוב תורמים לעיכוב תוכניות בנייה להקמת מאות יחידות דיור.